Primero que nada hay que saber que existe la Organización Internacional de las Entidades Fiscalizadoras Superiores, misma estableció que existen tres modos de auditoría, la de cumplimiento, la financiera y la de desempeño, pero las auditorías de cumplimiento y de desempeño suelen ser las utilizadas por la Auditoría Superior de la Federación.
En la auditoría de cumplimiento, los auditores revisan la captación, ejercicio y aplicación de los recursos que el Congreso aprobó, esto para comprobar que el dinero que se destinó a algo fue utilizado de acuerdo con la normativa correspondiente.
Este tipo de auditorías tienen cinco subdivisiones, la primera es la auditoría de inversiones físicas que, como su nombre lo dice, es la que se encarga de analizar las adquisiciones, el desarrollo de obras públicas, el qué tan razonable es la cantidad de dinero que se invierte, así como la conclusión a tiempo de las obras.
La segunda forma es la auditoría forense, la cual contempla la revisión de procesos, hechos y evidencias, esto con el propósito de documentar un presunto acto irregular.
En la auditoría de las tecnologías de la información y comunicaciones se revisan las adquisiciones y aprovechamiento de sistemas e infraestructuras, así como la calidad de los datos y la seguridad de la información público.
La auditoría a los sistemas de control interno es la que evalúa las políticas, procesos y actividades que ayudan al cumplimiento de los objetivos institucionales.
El quinto tipo es la auditoría al gasto federalizado, la cual consiste en la revisión del uso del presupuesto y el cumplimiento de las metas financiadas por recursos federales que fueron transferidos a los estados y municipios.

Las auditorías de desempeño consisten en hacer una revisión que permite conocer si las políticas públicas están trabajando con los principios de eficacia, eficiencia y economía, así como otorgar la información de qué hace el gobierno para minimizar los costos de los recursos utilizados por los empleados. Este tipo de auditorías hacen las evaluaciones de políticas públicas, con lo cual revisan el impacto de los programas y proyectos gubernamentales.
Por su parte, en la auditoría financiera se revisan los documentos contables, también se hace un programa para que la empresa (o gobierno), tenga procedimientos y formatos contables que cumplan con la regulación vigente.
Como vemos, las auditorías son complejas, pero importantes para saber que nuestros recursos están siendo bien utilizados, así podremos mencionar si se gastó dinero de más o si una obra tardó más de lo que debía.

Firma: @TresMonosSabios
Fuentes: https://www.asf.gob.mx/Section/53_Tipos_de_auditorias_desarrolladas